Al concluir el período de entrenamiento, Naruto regresa a la aldea justo cuando una misteriosa organización denominada Akatsuki intenta capturar a las nueve poderosas bestias bijūs con cola incluyendo al «Zorro Demonio de Nueve Colas» que permanece sellado dentro de él, con la finalidad de crear una técnica jutsu que les permita controlar al mercado de guerras ninjas. El Equipo 7 y varios ninjas de la aldea luchan contra los miembros de Akatsuki, sumándose también a la misión que busca rescatar a su antiguo compañero Sasuke. Sin embargo, éste traiciona a Orochimaru y enfrenta a Itachi a manera de venganza. Aunque Itachi muere, Sasuke escucha una revelación de parte del miembro de Akatsuki, Madara Uchiha, donde explica que Itachi tuvo la orden de eliminar a su clan de parte de los altos mandos de la aldea. Entristecido por esto, Sasuke ingresa a las fuerzas de Akatsuki con el objetivo de destruir a la aldea. En tanto, varios miembros de Akatsuki van capturando a los diferentes contenedores de bijūs y jinchūrikis, mientras que dos de sus integrantes, Pain y Konan, invaden y destruyen la aldea en búsqueda de Naruto.